Возможно поможет изменение параметра UseDNS с "yes" на "no" (Default = yes) в файле конфигурации SSHD:

sshd_config

Так же если Вы используете Putty под Windows стоит глянуть на два параметра в реестре:

HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services \Tcpip\Parameters\TcpMaxDataRetransmissions  - DWORD (рекомендуемое значение 10)

и

TcpMaxConnectRetransmissions

Еще: You can try to combat this by telling PuTTY to send keepalives